Архив учебных курсов

Главная Сотрудники Публикации Семинары  и  Конференции Обучение Призы  и  Премии Контакты Англ


Факультет Биоинженерии и Биоинформатики
Официальный Сайт
Неофициальный Сайт

Семестр I
Компьютерная грамотность (А.Б. Рахманинова, А.В. Алексеевский, А.В. Головин, С.А. Спирин), осень 2006 г.
Компьютерная грамотность (А.Б. Рахманинова, А.В. Алексеевский, А.В. Головин, С.А. Спирин), осень 2005 г.
Компьтерная Грамотность (А.Б. Рахманинова, А.В. Алексеевский, А.В. Головин, С.А. Спирин), осень 2004 г.
Компьтерная Грамотность (А.Б. Рахманинова, А.В. Головин, П.С. Новичков), весна 2003 г.

Семестр II
Сравнение биологических текстов на примере аминокислотных последовательностей (А.Б. Рахманинова), весна 2006 г.
Сравнение биологических текстов на примере аминокислотных последовательностей (А.Б. Рахманинова, П.С. Новичков), весна 2005 г.
Сравнение биологических текстов на примере аминокислотных последовательностей (А.Б. Рахманинова, А.В. Головин, П.С. Новичков), весна 2004 г.

Семестр III
Распознавание генов (Е.О. Ермакова), осень 2010 г.
Распознавание сайтов (Е.О. Ермакова), осень 2010 г.
Распознавание генов (Е.О. Ермакова), осень 2009 г.
Распознавание генов (Е.О. Ермакова), осень 2008 г.
Распознавание сайтов (Д.А. Равчеев), осень 2008 г.
Распознавание генов (М.С. Гельфанд, Е.О. Ермакова), осень 2007 г.
Распознавание сайтов (Д.А. Равчеев), осень 2007 г.
Нуклеиновые кислоты (А.Б. Рахманинова, А.В. Головин, С.А. Спирин), осень 2006 г.
• 14 ноября. Распознавание генов. (презентация)
•  5 декабря. Распознавание регуляторных сигналов. (презентация)
Нуклеиновые кислоты (А.Б. Рахманинова, А.В. Головин, С.А. Спирин), осень 2005 г.
Нуклеиновые кислоты (А.Б. Рахманинова, А.В. Головин, С.А. Спирин), осень 2004 г.

Введение в Молекулярную Биологию (А.А. Миронов), осень 2004 г.
Презентация
Словарь

Введение в Молекулярную Биологию (М.С. Гельфанд), осень 2003 г.
Часть 1 — структуры
Часть 2 — функции
Часть 3 — регуляция
Часть 4 — дополнения

Семестр IV
Распознавание генов (М.С. Гельфанд), весна 2006 г.
Информатика. Алгоритмы (А.А. Миронов), весна 2006 г.
Информатика. Программирование (А.А. Миронов, Р.А. Сутормин, Е.Д. Ставровская), весна 2006 г.

Элементы методики работы с последовательностями (М.С. Гельфанд), весна, 2005 г.
Тема 2: предсказание генов
Инструкция по выполнению зачетного задания
Лекция
Тема 3: поиск регуляторных сигналов
Лекция
Задание

Семестр V
Информатика. Программирование (А.А. Миронов), осень 2006 г.
Информатика. Программирование (А.А. Миронов), осень 2005 г.

Семестр VI
Биоинформатика. Алгоритмы (А.А. Миронов), весна 2006 г.
Алгоритмы биоинформатики (А.А. Миронов), весна 2005 г.

Семестр VII
Сравнительная геномика (М.С. Гельфанд), осень 2009 г.
Сравнительная геномика (М.С. Гельфанд), осень 2008 г.
Сравнительная геномика (М.С. Гельфанд), осень 2007 г.
Сравнительная геномика (М.С. Гельфанд), осень 2006 г.
Сравнительная геномика (М.С. Гельфанд), осень 2005 г.

Семестр IX
Часть 1. Эволюционная геномика (Г.А. Базыкин), осень 2007 г.

Семестр X
Часть 2. Медицинская геномика (В.Е. Раменский), весна 2008 г.
Часть 2. Медицинская геномика (В.Е. Раменский), весна 2009 г.

Семестр X, МФТИ, кафедра проблем передачи и обработки информации
Информационные процессы в живых системах (М.С. Гельфанд), весна 2009 г.

Спецкурс "Генетика развития" (UC, Daris), весна 2006 г.
Эмбриологические механизмы эволюции (Артем Копп)
Популяционная генетика и молекулярная эволюция, (Сергей Нуждин)
Bruce Rannala

Научное руководство:
- Л.А. Мамирова, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Эффективность очищающего отбора в геномах митохондрий и протеобактерий (ИППИ РАН, 10.12.2009).
- В.А. Сорокин, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Сравнительно-геномный анализ бактериального иммунитета (ИППИ РАН, 10.12.2009).
- Д.А. Равчеев, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Изучение эволюции регуляторных систем прокариот методами сравнительно-геномного анализа (ИППИ РАН, 11.06.2009).
- Р.Н. Нуртдинов, к.ф.-м.н. (биоинформатика), н.рук. АА. Миронов. Эволюция альтернативного сплайсинга генов млекопитающих (ИППИ РАН, 13.11.2008).
- Е.О. Ермакова, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Особенности эволюции различных функциональных областей альтернативно сплайсируемых генов эукариот (ИППИ РАН, 13.11.2008).
- Г.Ю. Ковалева, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Анализ регуляции генов метаболизма и транспорта метионина и лейцина методами сравнительной геномики (ИППИ РАН, 30.10.2008).
- Е.Д. Ставровская, к.ф.-м.н. (биоинформатика), н.рук. АА. Миронов. Компьютернае методы массового анализа регуляции транскрипции в бактериях. (ИППИ РАН, 30.10.2008).
- О.В. Калинина, к.ф.-м.н. (молекулярная биология), н.рук. МС. Гельфанд. Аминокислотные остатки, определяющие специфичность в больших семействах белков (ИМБ, Москва, 24.05.2007).
- Р.А. Сутормин, к.ф.-м.н. (биофизика), н.рук. АА. Миронов. Использование вероятностных методов для анализа аминокислотных последовательностей мембранных белков. (ИТЭБ РАН, Пущино, 22.03.2007).
- А. Неверов, к.б.н. (молекулярная биология), н.рук. АА. Миронов. Компьютерный анализ сплайсинга. (ГосНИИГенетика, Москва, 6.03.2007).
- А.В. Герасимова, к.б.н. (молекулярная биология), н.рук. МС. Гельфанд. Анализ регуляции транскрипции генов дыхания в гамма-протеобактериях методами сравнительной геномики. (ГосНИИГенетика, Москва, 25.05.2006).
- Е.А. Пермина, к.б.н. (молекулярная биология), н.рук. МС. Гельфанд. Изучение регулонов бактериального стресса методами сравнительной геномики. (ГосНИИГенетика, Москва, 25.05.2006).
- Е.А. Котельникова, к.ф.-м.н (биофизика), н.рук. МС. Гельфанд и ВЮ. Макеев. Эволюция участков связывания бактериальных факторов транскрипции в последовательностях ДНК. (23.06.2005, физ. фак. МГУ).

Аспиранты
• ИППИ
- С. Родионова (н.рук. М.С. Гельфанд)
- И. Суворова (н.рук. М.С. Гельфанд) Ко-эволюция факторов транскрипции семейства FadR и узнаваемых ими мотивов
- С. Лейн (н.рук. Д.А. Родионов, М.С. Гельфанд)
- Г. Федонин (н.рук. М.С. Гельфанд)
• ФББ МГУ
- Е. Храмеева (н.рук. А.А. Миронов, М.С. Гельфанд) Пространственная и функциональная организация генов и хроматина
- Ю. Коростелев (н.рук. А.Б. Рахманинова, М.С. Гельфанд) Эволюция белок-ДНКовых взаимодействий
- А. Заика (н.рук.М.С. Гельфанд) Положительный отбор в альтернативно сплайсируемых участках генов
- Е. Климук (н.рук. К.В.Северинов и М.С. Гельфанд)
- О. Цой (н.рук. М.С. Гельфанд)
- Н. Быкова. Поиск потенциальных аутоантигенов человека в протеомах бактерий (н.рук. А.А. Миронов)
- П. Мазин. Возрастные и эволюционные изменения уровней экспрессии альтернативно сплайсируемых изоформ (н.рук. М.С. Гельфанд, А.А.Миронов)
- А. Панчин. Молекулярная эволюция генов паралогических семейств генома человека (н.рук. И.И. Артамонова)

• ИОГен
- Е. Гордиенко (н.рук. И.И. Артамонова, М.С. Гельфанд) Эволюция пангеномов

Студенческие проекты 2011-2012 г.
Студенческие проекты 2010-2011 г.
Студенческие проекты 2009-2010 г.
Студенческие проекты 2008-2009 г.
Студенческие проекты 2007-2008 г.
Студенческие проекты 2006-2007 г.
Студенческие проекты 2005-2006 г.
Студенческие проекты 2004-2005 г.

Школа "Биоинформатика, геномика, протеомика" (11-18 апреля 2006, Алма-Ата, Казахстан)
И.И. Артамонова. Автоматическая аннотация геномов. (презентация)
В. Боева. Поиск тандемных повторов (минисателлитов) в последовательностях ДНК, сравнение распределений минисателлитов в различных эукариотических геномах. (презентация)
А. Витрещак. Регуляторные структуры РН. презентация
М.С. Гельфанд. Системная биология. (презентация)
Е.О. Ермакова. Точечные нуклеотидные замены и эволюция различных функциональных участков генома млекопитающих. презентация
Г.Ю. Ковалева. Анализ регулона McbR в геномах коринебактерий методами сравнительной геномики. (презентация)
Е. Курмангалиев. Поиск генов "некодирующих РНК" в интронах G-белок сопряженных рецепторов человека и мыши.
В.Ю. Макеев. Регуляция транскрипции у эукариот. Механизмы и биоинформатические подходы. (презентация)
Д. Малько. Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга. (презентация)
Л. Мамирова. Радикальные и консервативные аминокислотные замещения в эволюции протеин-кодирующих генов.
Ю. Медведева. CpG островки в эукариотических геномах.
А. Неверов .Молекулярная эпидемиология гепатита А на территории России и сопредельных государств. (презентация)
Н. Опарина. Альтернативные старты транскрипции и их связь с CpG-островами. (презентация)
Д.А. Равчеев. Исследование регуляции нитрат-нитритного дыхания гамма-протеобактерий методами сравнительной геномики. презентация
В.Е. Раменский. Полиморфизм генома человека. (презентация)
Е.Д. Ставровская. Алгоритмы кластеризации регуляторных сигналов. (презентация)
Р.А. Сутормин. Методы предсказания вторичной структуры мембранных альфа-спиральных белков. (презентация)
А. Фаворов. Алгоритм для идентификации аллельных паттернов и первые результаты его применения для реальных медицинских задач. презентация
М. Фридман. Проблема выделения CрG-островов и гомологичных им структур в разных группах организмов. (презентация)

Семинары:
• М.С. Гельфанд Сравнительная Геномика (Annual Meeting of the Italian Bioinformatics Society BITS-2005. Milan, Italy, March 2005)
• А.А. Миронов Биоинформатика. Лекция по курсу "Основы биологии", 1 курс ФМБФ МФТИ (2004-2005 уч.г.)
• М.С. Гельфанд Узнавание регуляторных сигналов (NATO ASI school. San-Miniato, Italy, October 2001)

Лекции в рамках межфакультетского курса биоинформатики МГУ (2001-2002 уч.г.)
• М.С. Гельфанд Распознавание генов
• М.С. Гельфанд Поиск сигналов в биологических последовательностях
• М.С. Гельфанд Сравнительная геномика - 1
• М.С. Гельфанд Сравнительная геномика - 2
• А.А. Миронов Предсказание вторичной структуры РНК