| Блок 1: Общие принципы сравнения последовательностей.
|
| |
14. ( 11 февр.) (2 час) |
| |
|
Банки данных белковых последовательностей или первая
прогулка в Интернете по «золотым» адресам (АБР)
Студенты знакомятся с базами данных - Swiss-Prot, TrEMBL, UniProt,
а также делают первую попытку что-нибудь в них найти.
[задания] [ключевые
слова] [материалы] [презентация]
|
| |
15. (18 февр.) (2 час) |
| |
|
Искусство поиска или SRS (ПСН)
Преподаватели рассказывают о том, как правильно построить запрос в
системе SRS, студенты учатся работать с логическими операциями и создают
первую пробную выборку а.к. последовательностей.
[задания] [ключевые
слова] [презентация]
|
| |
16. (25 февр.) (2 час) |
| |
|
Эволюция белков. Что такое выравнивание и «цена гэпа»?
(АБР)
Преподаватели рассказывают о путях эволюции а.к. последовательностей,
студенты узнают, что такое выравнивание, и пытаются вручную выравнять
заданные последовательности.
[задания]
[ключевые слова] [материалы]
[презентация] |
| |
17. (3 марта) (2 час) |
| |
|
Эволюция белков. Матрицы замен аминокислотных остатков
(АБР)
Преподаватели рассказывают, что такое Blocks, Blosum и PAM, а студенты
пытаются создать свои матрицы замен. ...
[задания] [ключевые
слова]
|
| |
[правила зачета за занятия
первого блока] |
|
Блок 2: Алгоритмы попарного выравнивания
|
| |
18. ( 10 марта) (2 час) |
| |
|
UNIX! Полезный инструмент - пакет прикладных программ
EMBOSS (АВГ)
Преподаватели рассказывают про основы UNIX. Студенты осваивают базовый
набор команд для работы в UNIX и изучают программы из пакета EMBOSS
для доступа к аминокислотным последовательностям.
[задания] [материалы]
[презентация] |
| |
19. (17 марта) (2 час) |
| |
|
Чем локальное выравнивание отличается от глобального
(ПСН)
Преподаватели рассказывают об алгоритме построения глобального выравнивания
Нидельмана-Вунша (Needleman-Wunsch) и об алгоритме построения локального
выравнивания Смита-Ватермана (Smith-Waterman).
|
| |
20. (24 марта) (2 час) |
| |
|
Парные выравнивания с помощью программ из пакета
EMBOSS (ПСН)
Преподаватели рассказывают про программы построения парных выравниваний
и их параметры. Студенты работают с этими программами и анализируют
полученные результаты.
[задания] [материалы] |
| |
21. (31 марта) (2 час) |
| |
|
BLAST - инструмент для быстрого поиска
последовательностей в банках данных по гомологии(ПСН)
Преподаватели рассказывают о том, что такое BLAST, и учат студентов
работать с BLASTP.
[задания] |
| |
22. (7 апр.) (2 час) |
| |
|
Зачетное занятие
Студенты демонстрируют свое умение выравнивать последовательности.
|
| |
[правила оформления html-страниц для получение зачета
за второй блок] |
|
Блок 3: Семейства белков. Профили и паттерны.
|
| |
23. (14 апреля) (2 час) |
| |
|
Что такое множественное выравнивание?
(ПСН)
Преподаватели рассказывают про алгоритм работы глобального множественного выравнивания Clustal.
Студенты строят множественные выравнивания, раскрашивают их с помощью Genedoc, анализируют
расположение консервативных и диагностических позиций на трехмерной структуре с помощью Rasmol.
[задания] |
| |
24. (21 апреля) (2 час) |
| |
|
Профили и паттерны.
(ПСН)
Преподаватели объясняют, чем профили отличаются от паттернов. Студенты строят паттерны для учатков
своего множественного выравнивания, а затем используют их для поиска родственных белков.
[задания] |
| |
25. (28 апреля) (2 час) |
| |
|
Базы данных, описывающие белковые семейства.
(АБР)
Студенты знакомятся с базами данных Pfam, PROSITE , InterPro
и описывают свойства последовательности своего белка.
[задания] [презентация]
|
| |
26. (5 мая) (2 час) |
| |
|
PSI-BLAST
(ПСН)
Преподаватели рассказывают про инструмент для быстрого поиска "далеких" гомологов - PSI-BLAST.
Студенты ищут гомологов с помощью BLASTP и PSI-BLAST, сравнивают возможности двух инструментов.
[задания] |
| |
27. (12 мая) (2 час) |
| |
|
Первое знакомство с деревьями
(AБР)
Студенты знакомятся с 2-мя алгоритмами построения деревьев - UPGMA, NJ.
[презентация] |