Сравнительная геномика |
| Главная | Сотрудники | Публикации | Семинары и Конференции | Обучение | Призы и Премии | Контакты |
|---|
Факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ, IV курс. (набор 2003 г.)
Осенний семестр 2006 г.
Лекции: понедельник 15.35-17.10
Занятия: понедельник 10.55-12.30 (группа 402), 12.45-14.20 (группа 401)
Лекции:
• 9 октября. Гомология, деревья, эволюция. презентация
• 16 октября. SNPs (точечные нуклеотидные полиморфизмы) - Раменский В.Е. презентация
• 23 октября. Функциональная аннотация. презентация
• 30 октября. Функциональная аннотация (окончание). Сравнительный анализ последовательностей ДНК. презентация
• 6 ноября. Сравнительная геномика (начало). презентация
• 13 ноября. Сравнительная геномика (продолжение).
• 20 ноября. Сравнительная геномика (окончание).
• 27 ноября. Лекции не будет.
• 4 декабря. Негеномные (пост-геномные) данные. презентация
• 11 декабря. Системная биология (сети и модели).
• 18 декабря. Эволюция геномов. презентация
Примерный план аннотации фосмиды
Для аннотации используется программа Artemis. инструкция
1) выделение открытых рамок считывания (ОРС), формальная трансляция,
2) BLASTP, COGnitor - первичная аннотация,
3) BLASTN всего фрагмента по бактериальным геномам (полным и неполным),
4) определение таксономической принадлежности фрагмента по результатам 2 и 3 - первое приближение,
5) поиск тРНК - tRNAscan
6) уточнение начал генов, удаление лишних (пересекающихся с аннотированными генами) ОРС,
7) BLASTN для неаннотированных межгенных промежутков - дополнительный поиск генов РНК и других особенностей,
8) TBLASTX для неаннотированных участков и ОРС по бактериальным геномам (полным и неполным),
9) дополнительный анализ неаннотированных и плохо аннотированных ОРС: поиск сигнальных пептидов, трансмембранных сегментов, участков coiled-coil, белковых доменов (InterPro, PFAM) и т.п.,
10) уточнение таксономической принадлежности
Даты докладов: зеленый: дата согласована, красный: дата назначена.
ВНИМАНИЕ! Еще раз перенесены даты докладов. Помечено "new"
Объявление: крайняя дата сдачи аннотации фосмиды 1 декабря, аннотации гена 8 декабря.
Ф.И.О. ген для аннотации фрагмент генома
для аннотациитема для реферата дата доклада Антонов И.В. yhcM из E.coli фосмида тема 30 окт. Арифулин Е.А. ygjD из E.coli фосмида тема 4 дек. new Быкова Н.А. ychF из E.coli фосмида тема 11 дек. Волик Н.А. yrdC из E.coli фосмида тема 6 нояб. Вольдгорн Я.И. ybeM из E.coli фосмида тема 13 нояб. Гарушянц С.К. yebC из E.coli фосмида тема 6 нояб. Долгов М.С. yihA из E.coli фосмида тема 20 нояб. Досымбеков Д.Н. YNL320w из S.cerevisiae фосмида тема 6 нояб. Еремеев С.А. yigB из E.coli фосмида тема 27 нояб. Зинин А.И. ykrU из B.subtilis фосмида тема 4 дек. Ивлиев А.Е. ysxC из B.subtilis фосмида тема 30 окт. Игнатович И.В. yfcE из E.coli фосмида тема 27 нояб. new Ишкин А.А. yrbC из B.subtilis фосмида тема 4 дек. Киселев Г.Г. ysaA из B.subtilis фосмида тема 11 дек. Климук Е.И. ysnB из B.subtilis фосмида тема 4 дек. Коборова О.Н. YBR025c из S.cerevisiae фосмида тема 20 нояб. Колесникова Н.С. YNL200c из S.cerevisiae фосмида тема 20 нояб. new Кузнецова А.Ю. ylqF из B.subtilis фосмида тема 13 нояб. Лебедев В.И. ybeB из E.coli фосмида тема пока нет new Локтев Н.С. yjeF из E.coli фосмида тема 4 дек. Мазин П. yfjB из E.coli фосмида тема 4 дек. Меер М.В. ydjX из E.coli фосмида тема 13 нояб. Мостовенко Е.В. yigZ из E.coli фосмида тема 27 нояб. Мусинова Я.Р. YDR336w из S.cerevisiae фосмида тема пропущено new Ожован С.М. YMR130c из S.cerevisiae фосмида тема 13 нояб. Панчин А.Ю yqeL из B.subtilis фосмида тема 6 нояб. Салимонова Т.Б. ydiU из E.coli фосмида тема 11 дек. Толмачева Н.В. YGR021w из S.cerevisiae фосмида тема 20 нояб. Тужиков А.И. yvyE из B.subtilis фосмида тема 30 окт. Федоров П.Е. ytxB из B.subtilis фосмида тема 6 нояб. Хуторненко А.А. YPL222w из S.cerevisiae фосмида тема 23 окт. Цой О.В. YDL177c из S.cerevisiae фосмида тема 27 нояб. Цыганова М.О. ydiE из B.subtilis фосмида тема 30 окт. Чеканов Н.Н. yyaF из B.subtilis фосмида тема 4 дек. Черняева Е.С. YKR088c из S.cerevisiae фосмида тема 11 дек. Чешев Д.А. ywiC из B.subtilis фосмида тема 27 нояб. Юрьева М.В. YOR289w из S.cerevisiae фосмида тема 27 нояб.