Образование и опыт работы:

• 2010–н.в. стажер-исследователь ИППИ РАН
• 2010–н.в. ст. преподаватель ФББ МГУ (программирование)
• 2007–н.в. аспирантура факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
• 06.2012–07.2012. курсы по статистическому анализу геномных данных в Cold Spring Harbor Laboratory, Нью-Йорк, США и последующее ассистирование на аналогичных курсах в Москве
• 10.2011–12.2011. стажировка в Helmholtz Center, Мюнхен, Германия
• 06.2005 – 07.2005. стажировка в Leiden University Medical Center, Лейден, Нидерланды
• 2002–2007. факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ

Награды:

• Победа в конкурсе им. Северина, 2004
• обеда в конкурсе им. Северина, 2005

Публикации:

  Gogleva A.A. (prev. Nikulova), Gelfand M.S., Artamonova I.I. Comparative analysis of CRISPR cassettes from the human gut metagenomic contigs. BMC Genomics. 2014 Mar 17;15:202. PubMed 

Nikulova A.A., Favorov A.V., Sutormin R.A., Makeev V.J., Mironov A.A. CORECLUST: identification of the conserved CRM grammar together with prediction of gene regulation. Nucleic Acids Res 2012 40(12): e93. PubMed  PDF

Никулова А.A, Полищук М.С, Туманян В.Г, Макеев В.Ю, Миронов А.А, Фаворов А.В. Коppеляции клаcтеpов cайтов cвязывания и экcпеpиментальныx данныx по cвязыванию белков c ДНК позволяют пpедполагать cтpуктуpу pегулятоpныx модулей. Биофизика. 2012, 57(2): 212-214. Russian. PubMed  PDF

Романенков А.С., Устюгов А.А., Зацепин Т.С., Никулова А.А., Колесников И.В., Метелев В.Г., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А. Анализ белково-нуклеиновых контактов в комплексах фактора транскрипции NF-kB с ДНК. Биохимия. 2005, 70(11): 1212-1222. Russian. PubMed  PDF

Борисов А.Ю., Никулова А.А. Несоответствие экспериментальных и теоретических данных по миграции энергии от В800 и В850 в антенных комплексах LH-2 пурпурных бактерий.
Биофизика, 2004, 49(4): 653-658. Russian. PubMed  PDF


Конференции:

Информационные технологии и системы ИТиС’12 (35-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), 2012, Петрозаводск, Россия
• A.A. Nikulova, A.V. Artemov, Thorsten Schmidt. A Generic Java Framework for the Large-scale Comparison of NGS Data (постер)

International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms «BIOINFORMATICS 2012», 2012, Vilamoura, Portugal
• A.A. Nikulova, A.V. Favorov, V.Yu. Makeev and A.A. Mironov. A generalized hidden Markov model for prediction of cis-regulatory modules in eukaryote genomes and description of their internal structure (oral presentation)

Информационные технологии и системы ИТиС’11 (34-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), 2011, Геленджик, Россия
• A.A. Nikulova, A.V. Favorov, A.A. Mironov. CORECLUST: prediction of cis-regulatory modules and revealing their internal structure (oral presentation)

International Moscow Conference on Computational Molecular Biology “MCCMB’11”, 2011, Moscow, Russia
• A.A. Nikulova, A.V. Favorov, A.A. Mironov. An approach to predict cis-regulatory modules and identify conserved regulatory grammar in eukaryotic genomes (poster presentation)

Russian-German seminar «Regulation and Evolution of Cellular Systems” Munich, Germany, 10-13.05.2011
• A.Nikulova. An approach to identify conserved regualtory grammar and predict cis-regulatory modules in eukaryptic genomes (poster)
Информационные технологии и системы ИТиС’10 (33-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), 2010, Геленджик, Россия
• Никулова А.А., Фаворов А.В., Миронов А.А. Предсказание и анализ консервативных транскрипционных регуляторных областей в геномах рода Drosophila (poster presentation)

Информационные технологии и системы ИТиС’09 (32-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), 2009, Бекасово, Россия
• A.A. Nikulova, R.A. Sutormin, A.V. Favorov, A.A. Mironov. Prediction and Comparative Analysis of Transcriptional Regulatory Regions in Drosophila Genomes (oral presentation)

International Moscow Conference on Computational Molecular Biology “MCCMB’09”, 2009, Moscow, Russia
• A.A. Nikulova, A.A. Mironov. Prediction of regulatory elements in Drosophila genomes using hidden Markov model based on the arrangements of transcription factor binding sites (poster presentation)

Информационные технологии и системы ИТиС’08 (31-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), 2008, Геленджик, Россия
• Никулова А.А., Сутормин Р.А., Фаворов А.В., Миронов А.А. Построение HMM, основанной на правилах взаиморасположения сайтов связывания транскрипционных факторов, и ее применение для поиска корегулируемых генов в геномах рода Drosophila (устный доклад)

Информационные технологии и системы ИТиС’07 (30-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), 2007, Звенигород, Россия
• Никулова А.А., Миронов А.А. Поиск и анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в геномах млекопитающих (постер)

International Moscow Conference on Computational Molecular Biology “MCCMB’07”, 2007, Moscow, Russia
• A.A. Nikulova, A.A. Mironov. Computational prediction and analysis of transcriptional regulatory modules in mammals (poster presentation)
ХIII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов’06», 2006, Москва, Россия
• Percovskaya I.M., Nikulova A.A. Computational identification of cis-regulatory modules in vertebrates (oral presentation)

International Moscow Conference on Computational Molecular Biology “MCCMB’05”, 2005, Moscow, Russia
• A.S. Karyagina, A.S. Ershova, I.A. Olovnikov, E.A. Aksianov, A.Yu. Ryazanova, T.A. Salimonova, A.A. Nikulova, S.A. Spirin, A.V. Alexeevski, E.A. Kubareva. Analysis of conserved hydrophobic cores in proteins and supramolecular complexes (poster presentation)


Государственная регистрация программы:
Никулова А.А., Сутормин Р.А., Фаворов А.В., Макеев В.Ю., Миронов А.А. Программа для поиска кластеров регуляторных сигналов в геномах эукариот. Свидетельство №2012610082.