Рахманинова Александра Борисовна
к.б.н., старший научный сотрудник

Главная Сотрудники Публикации Семинары  и  Конференции Обучение Призы  и  Премии Контакты Англ.


Федонин Г.Г., Рахманинова А.Б., Коростелев Ю.Д., Лайкова О.Н., Гельфанд М.С. Изучение связывания ДНК факторами транскрипции LacI семейства методами машинного обучения. Молекулярная биология 2011 45(4): 724-737. Russian. PubMed  PDF

Mazin P.V, Gelfand M.S, Mironov A.A, Rakhmaninova A.B, Rubinov A.R, Russell R.B, Kalinina O.V. An automated stochastic approach to the identification of the protein specificity determinants and functional subfamilies. Algorithms Mol Biol. 2010, 5: 29. PubMed  PDF

Huang N, De Ingeniis J, Galeazzi L, Mancini C, Korostelev Y.D, Rakhmaninova A.B, Gelfand M.S, Rodionov D.A, Raffaelli N, Zhang H. Structure and function of an ADP-ribose-dependent transcriptional regulator of NAD metabolism. Structure. 2009, 17: 939-51. PubMed  PDF

Gelfand MS, Kazakov AE, Korostelev YD, Laikova ON, Mironov AA, Rakhmaninova AB, Ravcheev DA, Rodionov DA, Vitreschak AG. Evolution of Regulatory Systems in Bacteria. Lecture Notes in Bioinformatics. 2009; 5542 (ISBRA 2009): 1-4

О.В. Калинина, Р.Б. Рассел, А.Б. Рахманинова, М.С. Гельфанд. Вычислительный метод для предсказания функциональных сайтов белка с использованием детерминант специфичности. Мол. Биол. 2007, 41(1):151-162. PubMed   PDF

Д.А. Равчеев, А.Б. Рахманинова, А.А. Миронов, М.С. Гельфанд. Регуляция нитрат-нитритного дыхания гамма-протеобактерий: исследование методами сравнительной геномики. Мол. биол., 2005, 39(5): 832-46 PubMed   PDF

Rakhmaninova AB, Kalinina OV, Minin VV. Discriminative sites in the conserved core of various annexin families from vertebrates. Annexins. 2004, 1(2): S137-S142

Kalinina OV, Novichkov PS, Mironov AA, Gelfand MS, Rakhmaninova AB. SDPpred: a tool for prediction of amino acid residues that determine differences in functional specificity of homologous proteins. Nucleic Acids Res. 2004, 32(Web Server issue):W424-8. PubMed   PDF

Kalinina OV, Mironov AA, Gelfand MS, Rakhmaninova AB. Automated selection of positions determining functional specificity of proteins by comparative analysis of orthologous groups in protein families. Protein Sci. 2004, 13(2):443-56. PubMed   PDF

Sutormin RA, Rakhmaninova AB, Gelfand MS. BATMAS30: amino acid substitution matrix for alignment of bacterial transporters. Proteins. 2003, 51(1):85-95. PubMed   PDF

Kalinina OV, Makeev VJ, Sutormin RA, Gelfand MS, Rakhmaninova AB. The channel in transporters is formed by residues that are rare in transmembrane helices. In Silico Biol. 2003, 3(1-2):197-204. PubMed

Kalinina OV, Gelfand MS, Mironov AA, Rakhmaninova AB. Amino acid residues forming specific contacts between subunits in tetramers of the membrane channel GlpF. Biophysics (Moscow). 2003, 48 Suppl. 1 S141-S145

Д.А. Равчеев, М.С. Гельфанд, А.А. Миронов, А.Б. Рахманинова. Пуриновый регулон гамма-протеобактерий. Детальное описание. Генетика. 2002, 38(9):1203-14. PubMed   PDF

Н.С. Садовская, Р.А. Сутормин, А.Б. Рахманинова, М.С. Гельфанд. Сравнительный анализ программ, предсказывающих трансмембранные сегменты в трансмембранных белках. Информационные процессы. 2002, 2(1): 96-99. PDF

А.Б. Рахманинова, А.А. Миронов. Изменение энтропии свободной полипептидной цепи при образовании водородных связей. Мол. биол., 2001, 35(3):451-61. PubMed

Rodionov DA, Gelfand MS, Mironov AA, Rakhmaninova AB. Comparative approach to analysis of regulation in complete genomes: multidrug resistance systems in gamma-proteobacteria. J Mol Microbiol Biotechnol. 2001, 3(2):319-24. PubMed   PDF

Rodionov DA, Mironov AA, Rakhmaninova AB, Gelfand MS. Transcriptional regulation of transport and utilization systems for hexuronides, hexuronates and hexonates in gamma purple bacteria. Mol Microbiol. 2000, 38(4):673-83. PubMed   PDF

И.В. Григорьев, А.А. Миронов, А.Б. Рахманинова. Уточнение границ спиралей в альфа-спиральных глобулярных белках. Мол. биол., 1999, 33(2):242-51. PubMed

Grigoriev IV, Rakhmaninova AB, Mironov AA. Simulated annealing for alpha-helical protein folding: searches in vicinity of the "molten globule" state. J Biomol Struct Dyn. 1998, 16(1):115-22. PubMed

И.В. Григорьев, А.Б. Рахманинова, А.А. Миронов. Моделирование сворачивания (Альфа)-спиральных белков с известной вторичной структурой. Мол. биол., 1998, 32(3):515-20. PubMed

И.В. Григорьев, С.В. Деревянко, А.Б. Рахманинова, А.А. Миронов. Оценка свободной энергии петель в глобулярных белках. Мол. биол., 1997, 31(6):1064-70. PubMed

Grigoriev IV, Mironov AA, Rakhmaninova AB. Interhelical contacts determining the architecture of alpha-helical globular proteins. J Biomol Struct Dyn. 1994, 12(3):559-72. PubMed

Bakalkin GY, Rakhmaninova AB, Akparov VK, Volodin AA, Ovchinnikov VV, Sarkisyan RA. Amino acid sequence pattern in the regulatory peptides. Int J Pept Protein Res. 1991, 38(6):505-10. PubMed

Г.Я. Бакалкин, А.Б. Рахманинова, Р.А. Регуляторные пептиды, состоящие из менее, чем 20-ти аминокислотных остатков, статистически периодичны. Докл. Академии Наук СССР, 1986, 289(3):721-724. PubMed

А.Е. Тропша, А.Б. Рахманинова, Л.С. Ягужинский. Конфигурация и свойства центра связывания тиреоидных гормонов на специфическом рецепторе. Биоорган.химия, 1984, 10(4):483-92. PubMed

В.Т. Костава, А.А. Шарышев, А.Б. Рахманинова, Л.С. Ягужинский, Т.В.Вотякова, Ю.В.Евтодиенко. Индукция транспорта ионов, сопряженного с окислительными реакциями в мембранах митохондрий и липосом. Биофизика, 1979, 24(2):230-234. PubMed

А.Б. Рахманинова, Е.Е.Хавкин, Л.С. Ягужинский. Модель ауксинового рецептора. Биохимия, 1978, 43(5):806-823. PubMed

Yaguzhinsky LS, Boguslavsky LI, Volkov AG, Rakhmaninova AB. Synthesis of ATP coupled with action of membrane protonic pumps at the octane-water interface. Nature. 1976, 259(5543):494-496. PubMed

Л.С. Ягужинский, Л.И. Богуславский, А.Г. Волков, А.Б.Рахманинова. Синтез АТФ, сопряженный с работой мембранных протонных помп на границе раздела октан-вода. Докл. Академии наук СССР, 1975, 221(6):1465-1468. PubMed