2010 - н.в. Научный сотрудник УНЦ «Биоинформатика» ИППИ РАН
2004 - 2010. Младший научный сотрудник УНЦ «Биоинформатика» ИППИ РАН
2008. Кандидат биологических наук (специальность 03.00.28 - биоинформатика)
2003 - 2006. Аспирантка факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ
2003. Окончила механико-математический факультет МГУ с отличием (кафедра теории функций и функционального анализа)
Научные интересы:
- массовое секвенирование коротких фрагментов нуклеиновых кислот
- некодирующие РНК
- альтернативный сплайсинг
- регуляция транскрипции
- молекулярная эволюция
- программирование
Trends in Genetics, Gene
Публикации:
Leyn S.A., Kazanov M.D., Sernova N.V., Ermakova E.O., Novichkov P.S., Rodionov D.A. Genomic Reconstruction of the Transcriptional Regulatory Network in Bacillus subtilis. J Bacteriol 2013 195(11): 2463-2473. PubMed PDF
Medvedeva YA, Fridman MV, Oparina NJ, Malko DB, Ermakova EO, Kulakovskiy IV, Heinzel A, Makeev VJ. Intergenic, gene terminal, and intragenic CpG islands in the human genome. BMC Genomics. 2010, 11(1):48 PubMed PDF
Ermakova EO, Nurtdinov RN, Gelfand MS. Overlapping alternative donor splice sites in the human genome. JBCB. 2007, 5(5):991-1004 PubMed PDF
Р.Н. Нуртдинов, А.Д. Неверов, Д.Б. Малько, И.А. Космодемьянский, Е.О. Ермакова, В.Е. Раменский, А.А. Миронов, М.С. Гельфанд. EDAS — база данных альтернативно сплайсированных генов человека. Биофизика. 2006, 51(4):589-92 PubMed PDF
Е.О. Ермакова, Д.Б. Малько, М.С. Гельфанд. Эволюционные отличия альтернативных и постоянных белок-кодирующих участков альтернативно сплайсируемых генов Drosophila. Биофизика. 2006, 51(4):581-588 PubMed PDF
Ermakova EO, Nurtdinov RN, Gelfand MS. Fast rate of evolution in alternatively spliced coding regions of mammalian genes. BMC Genomics. 2006, 7(1):84 PubMed PDFКонференции:
The 5th International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, MCCMB-2011. Moscow. Russia, 21-14.07.2011
• E.Ermakova, M.Gelfand, D.Rodionov. CodY regulon in Bacillaceae (poster)
Berlin Summer Meeting. Berlin, Germany, 23-25.06.2011
• E.Ermakova. CodY regulon in Bacillaceae (poster)
ISBRA 2011. Changsha, China, 27-29.05.2011
• E.Ermakova. CodY regulon in Bacillaceae (poster)
Информационные технологии и системы ИТиС’09 (32-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), Бекасово, декабрь 2009
• Е.О. Ермакова, Д.Б. Малько. Нуклеотидные замены в альтернативно сплайсируемых генах Drosophila
4th Int. Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’09 (Москва, июль 2009)
• D.B. Malko, E.O. Ermakova, and M.S. Gelfand. Evolution of structure and sequence in alternatively spliced Drosophila genes (постер)
17th Annu. Int. Conf. On Intelligent Systems for Molecular Biology and 8th European Conf. On Computational Biology ISMB/ECCB’09 (Стокгольм, Швеция, июнь-июль 2009)
• E.O. Ermakova, D.B. Malko, and M.S. Gelfand. Evolution of structure and sequence in alternatively spliced Drosophila genes (постер)
6th Special Interest Group meeting on Alternative Splicing AS-SIG 2009 (Стокгольм, Швеция, июнь 2009)
• E.O. Ermakova, D.B. Malko, and M.S. Gelfand. Evolution of structure and sequence in alternatively spliced Drosophila genes (постер)
4th EMBO Conference: From Functional Genomics to Systems Biology (EMBL Heidelberg, Гейдельберг, Германия, ноябрь 2008)
• E.O. Ermakova, D.B. Malko, and M.S. Gelfand. Evolution of alternatively spliced coding regions in 11 Drosophila genomes (постер)
Информационные технологии и системы ИТиС’08 (31-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), Геленджик, сентябрь-октябрь 2008
• Е.О. Ермакова, Д.Б. Малько, М.С. Гельфанд. Фиксация точечных мутаций кодирующих участках генов плодовых мушек рода Drosophila
Информационные технологии и системы ИТиС’07 (30-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), Звенигород, сентябрь 2007
• E.O. Ermakova, R.N.Nurtdinov, M.S.Gelfand. Overlapping alternative donor splice sites. Материалы конференции, стр. 241-244
• Е.О. Ермакова. Возраст, занятость и обучаемость кодирующих участков: альтернативный сплайсинг и фиксация нуклеотидных замен в генах дрозофилы. (доклад)
3rd Int. Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’07 (Москва, июль 2007)
• D.B. Malko, E.O.Ermakova. Evolution of splicing in insects (постер)
15th Annu. Int. Conf. On Intelligent Systems for Molecular Biology and 6th European Conf. On Computational Biology ISMB/ECCB’07 (Вена, Австрия, июль 2007)
• E.O. Ermakova, R.N. Nurtdinov, and M.S. Gelfand. Ovelapping alternative donor splicing sites in the human genome (постер)
4th Special Interest Group meeting on Alternative Splicing AS-SIG 2007 (Вена, Австрия, июль 2007)
• E.O. Ermakova, D.B. Malko, and M.S. Gelfand. Patterns of selection and evolution of the exon-intron structure in alternatively spliced genes of nine Droshophila species and the malarial mosquito (доклад)
Human Genome Meeting HGM2006 (Хельсинки, Финляндия, 31 мая - 3 июня 2006)
• Е.O. Ermakova Evolutionary patterns of alternatively spliced coding regions of mammalian and Drosophila genes (постер)
Школа «Биоинформатика, геномика, протеомика» (Алма-Ата, Казахстан, апрель 2006)
• Е.О. Ермакова. Точечные нуклеотидные замены и эволюция различных функциональных участков генома млекопитающих. (презентация)
2nd Int. Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’05 (Москва, июль 2005)
• Ekaterina O. Ermakova. Alternatively spliced regions evolve faster. (постер)
XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов» (Москва, апрель 2005)
• Е.О. Ермакова, М.С. Гельфанд. Положительный отбор в альтернативных областях генов человека. (постер)
Диплом за лучший стендовый доклад
Е.О. Ермакова. Быстрая эволюция альтернативно сплайсируемых областей генов человека. Материалы Школы молодых учёных «Сравнительная геномика», 2005, стр. 9-10